自繁自养是目前两大养殖模式之一，国内第二大养殖集团牧原采用的就是自繁自养的养殖模式。虽说很多规模化猪场、农村散养户都是自繁自养模式，但确实自繁自养有一些弊端：
一、资金周转慢
以一个新建猪场为例，购买后备母猪进场需要3个月之后配种，怀孕4个月，育肥6个月，从开始抓猪需要投入一年的资金才能见到利润。这种利润周转相对单纯饲养母猪8个月见利润，外购仔猪5个月见利润要长很多。这也是让很多农民听说养猪望而却步的一个重要原因。
二、抗风险能力差
对于农村新建猪场，农民自繁自养的时间拉的太长，无法及时把控市场行情，一旦猪价持续下跌，就很容易导致资金链断裂。但是若是猪场良性运作了一段时间会有所不同，只要持续有猪输出就能增强一部分抗风险能力。
三、疾病防控难度高
农村猪场的很多疾病是会经过母猪传染给仔猪，仔猪带毒后会持续散毒，导致猪场始终围绕在病毒的感染压力下。最典型的是病毒性腹泻，往往先从育肥猪开始传到妊娠母猪，再到哺乳母猪，最后导致哺乳仔猪的大面积死亡。而且自繁自养多在一个猪场里，一旦发生大面积的疫情，很容易全军覆没。
而“公司＋农户”的模式是母猪和仔猪分开饲养，就相当于两点式和三点式饲养模式，就相当于对疾病的传播有了天然的阻断力，自然对疾病的防控就更加有利。
