1.多基因缺失苗不等于多价苗。这是普通常识，多价苗含有多种抗原成份，免疫后对猪提供更多的保护。多基因缺失苗则是缺失多个基因，减少了一些抗原成份。当然减少的这些抗原成份对总体的免疫效果影响不大。
2.基因缺失的目的。基因缺失的主要目的是为了鉴别免疫猪和野毒感染猪，为根除伪狂犬病提供血清学监测手段。目前，世界通用的是gE单克隆抗体ELISA试剂盒，单基因缺失苗和多基因缺失苗都能达到鉴别目的，从这一意义上来说，二者没有任何区别。
3.免疫效力。目前还没有权威性的论着对单基因缺失苗和多基因缺失苗免疫效力之间的优劣做过评述，从所了解的各猪场实际应用看，二者对控制伪狂犬病均具有良好的效果。抗体水平的监测也没有发现二者之间存在差异。最近的研究表明，某些弱毒疫苗会移植至免疫猪的隐性靶组织即三叉神经元，并通过与伪狂犬野毒的超感染竞争，从而阻断隐性感染的发生。研究还表明，既缺失糖蛋白gE又缺失Tk基因的弱毒苗在三叉神经节的移植能力弱。而阻断和减少野毒潜伏性感染在伪狂犬病的防制中是至关重要的。
4.安全性。这是争论的焦点问题，主要是关于单基因缺失苗是否安全的争论。
基因缺失在减毒方面有一定作用，但显然非常有限，疫苗的减毒主要依赖于继代培养。除伪狂犬病疫苗外，其它疫苗都没有缺失基因，其中家禽用疫苗有十多种，猪用疫苗有五、六种，人用疫苗有七、八种，如果说这些疫苗存在毒力返强或其它安全性问题，显然与事实不符。因此，不能因为某一种疫苗缺失基因，就过分夸大基因缺失在安全性方面的作用，甚至把基因缺失的多少作为衡量一个疫苗安全性的依据。
从历史的角度看，单基因缺失疫苗(如Bartha株)是一个使用历史最长(1961年研制成功)、范围最广、数量最多的弱毒疫苗。数十年的应用实践已经表明这是一个免疫力和安全性都很好的疫苗株。因此，不能因为多基因缺失苗(如同时缺失TK基因)强调其安全性就反过来怀疑单基因缺失苗的安全性，这与思维逻辑不符，更与事实不符。
从现实的角度看，单基因缺失苗仍然是世界范围内用来防制伪狂犬病的主要品种，在十分注重生物安全的欧美国家，生产和使用一种不安全的疫苗是令人难以想象的。
到目前为止，已有几家外国公司的Bartha株单基因缺失弱毒苗获得了我国农业部的批准注册，被允许进口。我国也是一个越来越注重生物安全的国家，批准注册这些单基因缺失苗时，是从各个方面充分考虑、认证了其安全性因素，显然有关单基因缺失弱毒疫苗存在安全问题的说法不可信。
某省几十个规模化猪场从1999年就开始使用单基因缺失弱毒苗，至今未发生安全性问题。曾有个别猪场在使用单基因缺失弱毒苗后，出现一些问题，但经实验室检测，问题不在疫苗，而是该猪场在接种疫苗时已经感染了其它繁殖障碍性疾病，猪场人员也表示，接种疫苗就已经有问题发生。这种偶然情况在其它类型的疫苗使用过程中也会碰到。
