但也存在一些缺点:
1、该技术应用成本都较高。IUI输精管的价格是普通人工授精输精管价格的3倍,所有母猪不能使用统一规格的精液和授精方式,于是就增加了精液生产、包装和输精时的工作量。
2、技术较难掌握,配种人员授精效果个体差异非常明显,母猪繁殖性能不稳定。
3、极易损伤母猪子宫。由于导管难以通过青年母猪的子宫颈,若强行插入可能导致损伤,所以该技术只适合对经产母猪配种,不能用于初产母猪。而且配种人员授精效果的个体差异非常明显,导致繁殖性能不稳定。
4、基因池缩小的问题。减少公猪饲养总量虽然可以增加效益和均匀度,但从遗传学的角度看,缩小“基因池”存在一些危险。较少的公猪可能潜在地增加了近亲繁殖。而且通过限制基因的多样性可能无意地选择了一些阴性特性。