2.3公猪更新不及时
100头、200头存栏母猪的，人工授精最多也就3-4、头公猪，猪场老板一般都舍得花大价钱购买好的公猪(在广东最高的10万元一头杜洛克公猪，一样有人买，一般是追求体型为主)，以期商品猪能受市场的欢迎而卖出较高的价格，由于公猪数量少，为了节约成本，很多猪场的公猪是用3- 4年，不到万不得己，一般不会淘汰，公猪的更新率非常低。老公猪的精液品质，到了一定程度，会影响到种猪的生产性能。大型公猪站包括大型猪场的公猪，一般使用时间为一年半左右，不会超过两年，保证了公猪的活力和精液品质的优质，从而保证了使用的效果。
2.4一次性投资大
按照一个公猪站最低的配置，一般要有17℃恒温冰箱、电光源显微镜、水浴锅、电子天平、假母猪台以及其它一些消耗用品，有条件的装空调，一次性投入1万元左右，数额比较大。为了省钱，一些老板就买一些简单的用品，也不对化验室进行装修，使得化验室非常简陋，条件特别差，污染严重。
2.5应急能力差
凡从事养殖业，都会或多或少地遇到一些不可遇见的情况，养猪业也不例外，特别是近年，气候异常、猪病泛滥成灾的情况下，异常问题更多。夏季，有的地方气温高达38℃以上，即使有水帘降温，公猪性欲低、精液品质下降的现象屡屡发生;某一地区或某个场流行某种疾病时，公猪大都会受到冲击，如果遇到以上情况，小型公猪站的公猪很容易全群受影响，没有精液使用时，最终将影响到生产，不得已还是要向外买精液。
