许多研究者报道中提出,益生素的使用效果不稳定,通常是由于肠道原有有害菌群的干扰,使益生素不能在肠道中很好地定植和发挥作用。先用抗生素作前处理,可以起到预先清理肠道的作用。但如果继续长期使用抗生素,不但易造成产生耐药性和药物残留等种种弊端,还易于破坏肠道微生态平衡,不利于肠道正常有益菌群的益生作用。
从微生物代谢方式看,其作用如前述。对益生素产品的效果而言,可能是其中1种或几种或全部综合的作用所致。作用的方式取决于所用微生物的种类和数量。
在抗生素的作用机理研究中,能刺激某些激素的分泌和能增强某些酶的活力尚属较不成熟的观点,还缺少足够的试验佐证。
目前对抗生素和益生素的配伍使用,包括联合使用和交叉使用,有关学者和专家持有不同的观点。但大多仅停留在假说和设想上。