(6)由于制备“自家苗”的来源是猪体产生病变的组织，用“自家苗”免疫的猪群，病理解剖最显著的特征是淋巴系统增生、淋巴结显著肿大。由于“自家苗”含有大量的、不同的抗原，免疫将使机体在一段时间内处于强免疫应激状态，导致免疫机体对其它病原体的抵抗力下降，免疫后的猪群容易发生皮肤病、猪副嗜血杆菌病、猪链球菌病等副作用。
(7)一种疫苗，要使其对特定传染病产生免疫作用，必须具备2个条件：①疫苗中必须含有相应的具有免疫原性的抗原;②抗原必须达到一定量。抗原量太少，不能产生有效抗体,而且还可能诱导免疫耐受。自家组织苗通常都是通过采集病猪的病料来制作，而自然发病的猪，每头病猪的病变组织中病原的含量存在很大的变异，即使是同一头发病猪，由于感染病原体的类型不同，各种病原对组织的嗜好不一样;不同的器官，其病原体的含量也有很大的差异。如蓝耳病病毒嗜好肺部，所以在肺部含量较多;猪瘟病毒嗜好内皮细胞，所以在肾脏和免疫器官中含量较多。如果把病猪所有内脏一起捣碎制苗，那么各种抗原都将被稀释，很难达到多种病各自对有效免疫的抗原剂量的要求。
(8)由于”自家苗”制作者受自身技术、知识、设备等条件所限，难以准确地定量分析病料组织中抗原的含量，“自家苗”的质量不能得到很好的保证。不确切的抗原含量，既可能导致无法诱使机体产生充足有效的抗体，还可能诱导免疫耐受的发生。从而造成一方面无法判断这种疫苗对免疫猪群能否产生了足够有效保护;另一方面，可能这批疫苗能产生有效保护，但下批疫苗却无法产生有效保护，疫苗的批次之间的质量也不能得到很好的保证。所以，用自然发病猪病变组织制作的“自家苗”，其免疫效果存在很大的不确定性，这也人为地给病毒变异创造了环境和条件，促其毒力增强。
(9)由于自家组织苗中含有多种抗原，其免疫程序难以确定;由于“自家苗”中含有的抗原与其他疫苗中的抗原可能相同，必然影响其他疫苗的免疫程序和免疫效果。
