生物制品生产最基本的一条就是要有免疫原性良好的菌(毒)种。菌(毒)种必须符合条件。再者，任何病原强毒都存在有毒、有害物质和毒性物质。它们除了引起接种动物免疫负反应外，还会对机体产生毒作用。在生物制品制造中，为了保证疫苗的安全，都要对原始菌(毒)株进行标化或采用人工方法对其进行致弱。“自家苗”生产是直接用自然发病病例分离到的病原或病变组织扩大培养制苗，没有法定标准和规范工艺，特别是自家组织灭活苗的抗原成分复杂，各种免疫负反应原大量存在，生物安全方面的因素和潜在风险大，多少带有盲目性。因此，使用“自家苗”存在一定的风险。
 

　　(1)因为生产“自家苗”的种子毒力无标准免疫剂量，又未经测定，因此，如接种剂量过小，抗原的刺激不足以调动机体的免疫反应，反而会诱发机体对病原的易感性;如剂量过大，超过机体的反应能力，引起机体对抗原刺激的不应答，出现“免疫麻痹”，抗体的产生减少，甚至出现毒性作用。
 

　　(2)承认病原微生物在不同猪群中的差异性，故而才有”自家苗”的产生;然而，采一头猪或数头猪的病原施之全群，又否定了群内个体的差异性，特别是猪群中存在多种血清型或变异株时。据此推理，对每头猪免疫“自家苗”自然是荒谬的，是否认差异性的思维。所以，现在临床上使用的所有“自家苗”实际上都不能称之为“自家苗”，只能算是“自场苗”。
 

　　(3)使用自家组织苗，抗原微生物不可能单一，多种抗原微生物联合在一起，是干扰还是协同很难说清，加上非特异性抗原物质的大量存在，不安全因素和风险更大。
 

　　(4)灭活不彻底，存在散毒的高风险。自然发病的猪在抵抗力下降后，很容易继发或并发其他疾病。所以，自然发病猪的病变组织中，大都含有多种病原。这些病原对灭活条件的要求，存在很大的差异。所以制作不同的疫苗，对灭活剂的浓度和灭活剂的种类要求是不一样的。种类选择不合理，无法达到灭活的效果;浓度太低，灭活不彻底;浓度太高，破坏抗原的免疫原性，使免疫效果变差，同时会产生刺激或损害作用。由于“自家苗”在制备过程中不能对病毒进行彻底的灭活，在使用过程中很容易导致病原体的进一步传播，使传染源扩大。“自家苗”中未灭活的细菌或病毒达到一定数量，就可能造成这些病原体在猪群中的流行，而且这种流行属于人工感染后的流行，病原体的致病力比自然感染时更强，也更难以控制，由此形成恶性循环。
 

　　(5)“自家苗”灭活不全的另一个最大害处就是导致猪群产生免疫耐受。低剂量的病毒感染是免疫耐受的重要诱因。如果用于制作“自家苗”的病料中含有少量猪瘟等能够引起猪群免疫耐受的病原体，这些病毒含量低至不足以引起疾病的流行，但却可能诱导猪群产生免疫耐受，使病毒在猪群中持续存在，呈非典型流行或散发流行。