在全进全出制度中，还可能出现资金流转的问题。当疾病暴发时，由于同一舍猪年龄、体况相似，故发病率、死亡率也相似，容易导致资金困难。而小型猪场由于同一舍的猪，所处的年龄跨度较大，年龄较大的猪抵抗力强，存活率更高，对资金流转影响较小。
同时当遭遇大的市场行情变化时，全进全出的风险更高。
3. 生产性能的发挥：
全进全出制度下非常理想的状态是所有猪的生长状态一致，大小均匀，但是这是很难实现的，同一舍的猪体重必然会分化。全进全出制度实行，使得生长落后的猪始终处于劣势，而那些处于优势的猪则可能存在浪费饲料现象。
4. 对猪健康的保证：
传统思想会认为全进全出制度可以阻断传播连，有效阻止疾病的传播及发生。但是实际上全进全出只是保证一时环境的清洁，低风险病原的适当传播有助于猪获得更好地抵抗疾病的能力。
总结：
全进全出制度降低了疾病的传播、提高了猪场管理水平，但是也存在弊端，尤其对于小型猪场。全进全出制度要求生产计划设计准确，并且当市场行情变化时，全进全出的应对能力较差。全进全出制度下，对于生长较慢的猪，由于出栏时体重不达标，卖不出好价钱。而对于生长较快的猪，在已达到出栏体重时却仍在饲喂，造成饲料浪费。
