2.1、目前条件下无法彻底消灭传染源
我国是一个养殖业大国，家畜、家禽的存栏量位居世界首位，但畜牧业的生产方式相对落后，现阶段主要牧区牲畜的放养比例较大，中西部地区农村畜禽的散养比例平均超过50%。由于基层兽医站管理体制落后、人员数量和整体质量不高，多数农民无兽医专业知识，动物防疫法制观念淡薄，缺乏对防控重大动物疫病重要性的认识，往往将病死动物尸体随意丢弃、食用，甚至有一些不法分子收购病死动物尸体加工后运往城市销售，人为导致病原扩散和传播。同时，大量畜禽及其产品长途调运以及候鸟迁徙等因素，难免有患病动物将病原传播到各地。国务院、地方各级政府和各级兽医部门虽然采取了一些措施，有效地控制了重大动物疫病的发生和蔓延，但高致病性禽流感等重大动物疫病的病原并没有被消灭，甚至在定范围内长期存在。因此，在目前的条件下消灭传染源只是控制动物传染病的社会性措施之一，对防控全社会的重大动物疫情暴发具有重要意义，但对规模养殖场的动物防疫作用有限。
2.2、注射疫苗对动物的保护率达不到100%
受细菌的致病力、病毒毒力、动物的母源抗体、动物本身的营养、饲养环境、健康状况、免疫程序等因素的影响，往往导致疫苗免疫注射的抗体保护率只能达到一定比例，保护率不能达到绝对的100%;受免疫时机、免疫方式等因素的影响，疫苗的免疫保护率一般只能达到70%～80%左右，这是兽医工作者和养殖场技术人员都了解的常识。因此，政府采取集中免疫注射的方式，只能提高全社会整体动物的免疫力，大大减少动物疫病在社会上传播的范围和速度，可以控制社会范畴的重大动物疫情，但对规模养殖场的疫病防控起不到决定性的作用。因为，养殖小区和规模养殖场多建在交通方便、人口密度大、便于原料采购和产品销售的区域，很容易受到外界病原的侵袭。在这种情况下，由于养殖场采用规模化饲养，畜禽密度高，只要有少量动物没有免疫力，疫情便可以快速在场内传播，并且在传染病发生的初期，病原的致病力逐渐增强，然后向附近扩散。生产实践已经证明，虽然绝大多数的养殖场都十分重视免疫接种工作，但多数新发疫情是在病原的致病力增强后从规模养殖场传到附近农户，或仅在养殖场之间传播，受危害最大的是规模养殖场。例如，二十世纪八十年代以来国内新发的多种动物疫病均是规模养殖场从国外引进，然后才在社会上传播。
2.3、严格隔离是防止病原传入规模养殖场的有效途径在无法彻底消灭传染源、疫苗的免疫保护率达不到100%的情况下，做好隔离工作更加重要，这也是在生产实践中被证明是切实有效的方法。
一般来讲，危害较大的重大疫病一般都有一个共同特点，即凡是传播快、发病率高、致死率高的疫病，如高致病性禽流感、病毒性非典型性肺炎、鼠疫等重大疫病多为急性、热性、接触性传染病，虽有通过空气传播的可能性，但只要不与患病个体、运输工具、有关人员等传播媒介或病原直接或间接接触，一般不至于感染。也有专家认为一些病原体能随风传播数十甚至上百公里的说法，但生产中无法证实。一般通过尘埃传播的疫病可能传播比较快、危害范围广，但后果一般不是很严重，不属重大动物疫病的范畴，如在现阶段普通流感等疫情虽然传播快、传播范围广，但危害并不是十分严重，并且容易控制。因此如果规模养殖场预防重大动物疫病，从理论上来讲只要做好隔离工作就可以取得显著成效。
